سال 1256 خورشيدى در كراچى زاده شد ، وى پس از مرگ پدر ( 1264 خ ) در سن هشت‌سالگى به امامت فرقه اسماعيليه رسيد . جدّ آقا خان محلّاتى موسوم به آقا خان اوّل پسر ارشد شاه خليل اللّه رئيس فرقهء اسماعيليه ، كه در سنّ سيزده‌سالگى جانشين پدر و پيشواى فرقهء اسماعيليه شده بود ، مورد توجه و استمالت فتحعلى شاه قاجار قرار گرفت ، شاه قاجار براى دلجوئى از اين مرشدزادهء محلّاتى ، يكى از دختران خود را به عقد او درآورد و مبلغ بيست و سه‌هزار تومان وجه نقد و حكومت قم و محلّات را به وى بخشيد . در زمان سلطنت محمد شاه قاجار نيز بنا به توصيه قائم مقام فراهانى ، آقا خان مورد توجه محمد شاه قرار گرفت و به حكومت كرمان رسيد . ولى به مجرّد اينكه محمد شاه به هرات لشكركشى كرد ، آقا خان در جنوب طغيان و آشوبى بر پا نموده و قصد داشت قسمتى از خاك ايران ( كرمان و سيستان ) را به تحريك انگليسيها از ايران تجزيه نمايد . آقا خان اوّل در قيام كرمان توفيقى نيافت و با ناكامى و شكست مواجه شد . انگليسيها ناچار در صدد برآمدند كه او را از راه قندهار به هندوستان ببرند و در آنجا طرح و سياست تازه‌اى را براى او پىريزى نمايند . آقا خان اول در 17 ذيقعدهء 1257 قمرى با شكوه فراوان وارد قندهار شد و بنا به نوشتهء خود وى در كتابش « عبرت‌افزا » از طرف دولت انگلستان خرج مهمانى او را خشكه از قرار روزى يك‌صد روپيه مقرر كردند . از طرف انگلستان تصميم بر اين گرفته شده بود كه شهر هرات به دست آقا خان تسخير گردد و به حكومت آن نشانده شود ، امّا شورش دليرانه افغانان و كشت و كشتارى كه از انگليسيها در كابل شد آن نقشه را بر باد داد . لاجرم انگليسها به همراه دست نشاندهء خود آقا خان ، به هندوستان رفتند و در آنجا نيز آقا خان در راه هدف امپراتورى انگلستان مصدر خدماتى گرديد . و بدين‌ترتيب رهبران بعدى فرقه اسماعيليه نيز در هندوستان ساكن شدند ، به به‌طورىكه آقا خان سوم نفوذ زيادى در هندوستان از جبال نپال تا زنگبار پيدا كرده و در زنگبار كه سابقا مستعمره آلمان بود و از سال 1918 ميلادى مستعمرهء انگليس گرديد ، آقا خان كاخى دارد كه از كاخهاى عاليهء دنياست . سر محمد شاه آقا خان سوم در سال 1906 ميلادى « اتحاديهء مسلمانان تمام هند » را تشكيل داد تا طرفدارى مسلمانان هند را به حكومت بريتانيا در آن كشور جلب كند . از دههء 1930 ميلادى به بعد نيز نمايندهء هند در جامعهء ملل بود .